Несмотря на то, что в Берлине были подготовлены несколько аэродромов для приема советской делегации, Сталин не стал изменять себе и отправился в Германию на поезде. В докладной записке НКВД СССР в ГКО подробно рассказано о мерах по обеспечению безопасности проезда советской делегации из Москвы в Берлин:

"Общая протяженность маршрута составляет 1.923 километра, из них: по территории СССР – 1.095 километра, по территории Польши – 594 километра и по территории Германии – 234 километра.

Для обеспечения безопасности как в пути следования специального поезда, так и на станциях, направлено на места 1.515 человек оперативного состава НКВД-НКГБ и 17.140 человек войск НКВД, которые своевременно будут расставлены плотностью: на территории СССР – 6 человек, на территории Польши – 10 человек и территории Германии – 15 человек на каждый километр пути.

Кроме того, по пути следования специального поезда будут курсировать 8 бронепоездов войск НКВД, в том числе 2 бронепоезда на территории СССР, 2 – на территории Польши и 4 – на территории Германии".

Железнодорожная колея от границы СССР до Потсдама была "перешита" по советскому стандарту, по ней прошли пробные спецпоезда. Для поездки Сталина сформировали три литерных состава. Первым шел контрольный состав с сорока оперативниками 6 Управления НКГБ. Сверх табельного вооружения (наган, маузер, нож), они были вооружены также автоматами с 4-мя заряженными дисками. Кроме того, бронеплощадка поезда имела 37-мм пушку, счетверенный зенитный пулемет и два бортовых пулемета Максим. Далее шел поезд Сталина, который охраняли 100 сотрудников 6-го Управления. Кроме автоматов и пистолетов, у каждого из них было по две гранаты. Бронеплощадка была вооружена так же, как и в первом поезде. Также в качестве охраны были приданы 17 красноармейцев с автоматами и шестью гранатами на каждого. Третьим шел поезд прикрытия – в составе 10 офицеров НКГБ и 70 красноармейцев-автоматчиков.

Что касается подготовки самой встречи тройки лидеров, то как отметили в ЦОС ФСБ, подготовка самой встречи велась обстоятельно и четко – многие служебные и протокольные вопросы решались при их согласовании с представителями Великобритании и США.

При этом основная нагрузка по проведению подготовительных мероприятий легла на плечи советских спецслужб. В обеспечении безопасности и охраны конференции принимали сотрудники подразделений 6-го Управления НКГБ СССР, военной контрразведки "Смерш" НКО СССР, разведки и других служб НКГБ и НКВД СССР. Советская военная администрация к началу июля обеспечила выполнение ряда неотложных мер: были отремонтированы и запущены электростанции в Бабельсберге и Потсдаме, восстановлены аэродромы Дальгов и Кладов. В Цецилиенхофе были капитально отремонтированы 37 из 176 имеющихся во дворце комнат, включая конференц-зал с тремя отдельными входами. Район Бабельсберг к моменту конференции был разделен на три оккупационные зоны, в которых находились войска соответствующих стран.

Лаврентий Берия в докладной записке об окончании подготовительных мероприятий по приему, размещению и охране предстоящей конференции трех держав в Потсдаме (не позднее 30 июня 1945 г.) сообщал Сталину и Молотову:

"Местом размещения конференции избрано урочище Бабельсберг, расположенное в 4-х км восточнее г. Потсдама в районе озера Грибниц Зее и канала Тельтов […]

Ввиду отсутствия в указанных зданиях помещений, пригодных для проведения заседаний конференции, подготовлен бывший дворец германского кронпринца, расположенный в Потсдаме, на расстоянии 4-х километров от района размещения советской делегации.

Дворец представляет из себя двухэтажное старинное здание, соответственно оборудованное, площадью до 2000 кв. метров; площадь зала заседаний равна 160 кв. метров; имеющийся при дворце пищевой блок и столовая позволяют провести приемы".

В том же документе Берия сообщал об организации охраны делегаций союзных держав:

"Личная охрана главы советской делегации будет осуществляться оперативным составом 6 Управления НКГБ СССР, а для охраны района размещения советской делегации организовано охрана в 3 кольца, численностью 2.041 человек войск НКВД.

Охрана бывшего замка германского кронпринца осуществляется оперативным составом НКВД-НКГБ СССР общей численностью 150 человек и войсками НКВД численностью 1.000 человек.

Начальником охраны главы советской делегации назначен тов. Власик.

Личная охрана американской и английской делегации обеспечивается силами союзников, а внешняя охрана — войсками НКВД СССР".

С 23 часов вечера до 4 часов утра действовал комендантский час.

Кроме того, в районах, прилегающих к месту конференции, советскими саперами были проведены масштабные работы по разведке и разминированию спецобъектов и трасс Потсдама и Бабельсберга.

С 13 по 29 июня 1945 года личный состав 8-го Гвардейского специального минирования Краснознаменного батальона с приданной ротой 2-го Гвардейского минно-инженерного батальона и отдельной ротой собак-миноискателей была произведена проверка спецобъектов и трасс Потсдама и Бабельсберга.

В Отчете от 29 июня 1945 года докладывалось, что всего обнаружено и уничтожено 888 фаустпатронов, 1484 артиллерийских снарядов, 61 кг взрывчатых веществ, 726 минометных и 102 противотанковых мины, 20 авиабомб и прочее. В результате проведенных мероприятий по разведке и разминированию осмотрено 8,8 кв. километра территории и трасс протяженностью 41,8 километра.

Окончательные результаты разведки и разминирования объектов и маршрутов движения руководителей и членов делегаций сформулированы в Акте 8-го гвардейского спецминирования Краснознаменного батальона гвардии полковника Ю.И. Пергамента от 13 июля 1945 года.

В Акте отмечалось, что разведка и разминирование трассы № 1 производилась дважды. Во время первичной разведки и разминирования на трассе № 1 было обнаружено и уничтожено 482 артиллерийских снаряда, 298 ручных гранат, 28 противотанковых мин, 425 фаустпатронов и большое количество других взрывоопасных предметов. Аналогичные акты тем же числом были доложены по результатам проверки трасс № 2-4.

В результате повторного осмотра было обнаружено четыре артиллерийских снаряда, три фаустпатрона, одна противотанковая мина, две минометных мины и более десятков единиц стрелкового оружия.

Как отметили в ФСБ, проведенные предупредительные мероприятия советскими органами государственной безопасности совместно со спецслужбами союзников позволили успешно провести конференцию лидеров держав-победительниц в Берлине. Но уже через четыре дня после ее окончания США нанесут ядерный удар по Японии, а еще через года начнется холодная война…