В бассейне с отработавшим ядерным топливом сейчас находятся 566 сборок. Перед оператором станции — компанией ТЕРСО — стоит задача по их безопасному извлечению. Для этого над третьим реактором будет возведен гигантский купол-саркофаг высотой 17 метров. Саркофаг будет состоять из восьми сборных частей, вес каждой из которых составляет 37 тонн. Компания планирует начать извлечение сборок в течение 2018 финансового года (1 апреля 2018 — 31 марта 2019 года).

Аналогичные работы необходимо провести и на первом и втором реакторах, где хранится соответственно 392 и 615 сборок с отработавшим ядерным топливом.

В 2014 году компания извлекла сборки с ОЯТ из бассейна четвертого реактора, они были перемещены в расположенный рядом безопасный бассейн-хранилище.

Авария на АЭС "Фукусима-1" в марте 2011 года была признана крупнейшей за 25 лет после катастрофы в Чернобыле. После землетрясения магнитудой 9,0 гигантская волна высотой 15 метров затопила энергоблоки станции, вызвала отключение их электроснабжения, что привело к остановке системы охлаждения реакторов. На первом, втором и третьем реакторах ядерное топливо расплавилось и скопилось на дне защитной оболочки. На первом, третьем и четвертом энергоблоках взрывы образовавшегося водорода повредили или полностью уничтожили крыши. Это привело к утечкам радиации и загрязнению обширной территории в районе станции. Из населенных пунктов было эвакуировано более 140 тысяч человек. В результате разрушений и цунами погибли и пропали без вести около 20 тысяч человек. Полная ликвидация аварии, включая демонтаж реакторов, займет 40 лет.