В 1900 году главный инспектор кораблестроения Николай Кутейников ездил в Соединенные Штаты осматривать строящиеся по заказу России военные корабли. Его также интересовало и возможное сотрудничество с фирмой Джона Голланда, преуспевшей в строительстве подводных лодок. Но сделка с Holland Torpedo Boat Company (существующей и поныне как верфь Electric Boat Division of general Dynamics) не состоялась из-за взвинченных цен.

Проанализировав доклад вернувшегося Кутейникова, Морское ведомство решило строить лодки по отечественным проектам. В январе 1901 года была образована Строительная комиссия подводных лодок, куда пригласили офицеров Ивана Бубнова, Михаила Беклемишева, Ивана Горюнова.

Комиссия работала на территории Новой Голландии в помещении знаменитого Опытового бассейна. (Колыбель научно-исследовательских институтов и КБ, построенную при участии академиков Дмитрия Менделеева и Алексея Крылова, военные ведомства пытались сохранить до последнего времени.) В мае (!) того же года Комиссия представила проект "миноносца" (класса подводных лодок на флоте еще не существовало), который был утвержден и "принят к секретному производству" на Балтийском заводе.

В надводном положении лодка передвигалась с помощью бензомотора, под водой - электромотора и аккумуляторной батареи. Она должна была атаковать суда, проходящие мимо нее, стоящие на якоре или двигающиеся малым ходом. После успешных испытаний подлодка, нареченная "Дельфин", стала учебным классом. Под руководством Михаила Беклемишева на ней готовились экипажи первых моряков-подводников, набиравшихся из добровольцев.

В декабре 1904-го "Дельфин" отправили по железной дороге во Владивосток для участия в русско-японской войне. И хотя в активных боевых действиях ему участвовать не пришлось, угрозу японские крейсеры уже почувствовали. Тогда же на Балтийском заводе заложили первую серию ПЛ по проекту Бубнова-Беклемишева - лодки "Касатка", "Скат", "Макрель", "Налим" и "Окунь". Семья Шереметевых, пожелавшая увековечить память о своем славном предке - сподвижнике Петра боярине Борисе Шереметеве, финансировала строительство и шестой лодки - "Фельдмаршал граф Шереметев".

Кооперация петербургских заводов, сложившаяся тогда, действовала с некоторыми изменениями на протяжении почти всего ХХ века. Путиловский завод (ныне Кировский) поставлял листовую и профильную сталь, Обуховский сталелитейный ("Большевик") -воздушные баллоны и арматуру, электрооборудованием занялись будущий "Электроприбор" и АО "Сименс и Гальске". С 1909 года на ПЛ решили устанавливать двигатели Дизеля , что резко снижало пожароопасность. Но заказ Морского ведомства, размещенный в Германии, немцы до начала мировой войны выполнить не успели, тогда за них взялся завод Нобеля (после революции "Русский дизель"). В дальнейшем подключились "Адмиралтейские верфи" (корпуса), "Электросила" (гребные двигатели), завод им. Карла Маркса (торпедные аппараты), Особое техническое бюро (проекты торпед, мин, радиолокационных станций) - ныне ЦНИИ "Гранит".