Согласно поправкам, решение о признании нежелательной деятельности в России иностранной или международной неправительственной организации принимают генпрокурор или его заместители по согласованию с МИД России. Отмена такого решения осуществляется в аналогичном порядке. Перечень "нежелательных" иностранных или международных неправительственных организаций будет вести и публиковать Минюст России.

Присвоение организации статуса "нежелательной" приведет к замораживанию ее активов в России: финансовые организации прекратят операции с денежными средствами и другим имуществом этой организации, сообщив об этом Росфинмониторинг, который в свою очередь уведомит Генеральную прокуратуру и Минюст России.

"Нежелательной" организации будет запрещено работать в России, ее структурные подразделения будут закрыты, а распространение ее информационных материалов запрещено.

В федеральный Кодекс об административных правонарушениях вводится статья об ответственности "нежелательной" организации, продолжившей работу, несмотря на запрет, и ее сотрудников. Это будет караться штрафом от 5 тысяч до 15 тысяч рублей для граждан, от 20 тысяч до 50 тысяч рублей для должностных лиц и от 50 тысяч до 100 тысяч рублей для юрлиц.

Для руководителя продолжившей работу "нежелательной" организации вводится уголовная ответственность: от штрафа (от 300 тысяч до 500 тысяч рублей) до шести лет лишения свободы. При этом если руководитель добровольно прекратил участие в работе "нежелательной" организации, то от уголовной ответственности он будет освобожден. Аналогичная уголовная ответственность вводится для сотрудников "нежелательных" организаций, если они продолжают работу там, несмотря на то что дважды в течение года привлекались за это к административной ответственности.