В ходе перепроектирования самолета, Lockheed Martin должна будет установить на него резервную систему генерации кислорода, которая будет включаться автоматически, если основная OBOGS по какой-либо причине начнет работать неправильно или вовсе отключится. В настоящее время на F-22 установлена резервная система подачи дыхательной смеси в маску пилота, однако летчик должен активировать ее самостоятельно в случае неполадок OBOGS.

ВВС США пытаются избавиться от неполадок с системой OBOGS с конца 2010 года. В ноябре 2010 года ВВС потеряли истребитель F-22. Самолет разбился в 160 километрах от Анкориджа. Пилот Джеффри Хэни погиб. По данным следственной комиссии, которую возглавлял генерал в отставке Грегори Мартин (Gregory Martin), причиной катастрофы стало неверное функционирование OBOGS, из-за чего Хэни начал испытывать удушье.

Виновным в катастрофе признан пилот - по данным комиссии он допустил ряд критических ошибок при управлении самолетом, пытаясь включить резервную систему подачи дыхательной смеси в маску. Между тем, ни комиссии, ни инженерам ВВС, ни специалистам Lockheed Martin, ни компании Honeywell, производившей OBOGS для F-22, пока не удалось установить причину, по которой система дает сбои.

В середине февраля 2012 года ВВС США на день приостанавливали полеты F-22. Накануне приостановки полетов пилоты на разных авиабазах доложили о том, что они испытали гипоксию. Эта приостановка была третьей по счету с момента падения F-22 в 2010 году. В 2011 году полеты F-22 были запрещены более четырех месяцев.

В качестве профилактической меры в настоящее время на все F-22 установлены угольные фильтры и химические анализаторы. Все пилоты самолетов обязаны перед полетом и после него проходить медицинское освидетельствование, причем после приземления у летчиков берут и анализ крови.